O deputado cassado Eduardo Cunha (PMDB-RJ) foi preso preventivamente na última  quarta-feira, dia 19 de outubro de 2016 em Brasília, por determinação do juiz federal Sergio Moro no âmbito da Operação Lava Jato. A investigação contra Eduardo Cunha sobre contas na Suíça abastecidas por propinas na Petrobras estava sob responsabilidade do Supremo Tribunal Federal (STF). Cassado pela Câmara, o peemedebista perdeu o foro privilegiado perante a Corte máxima. Os autos foram deslocados, então, para a 13ª Vara de Curitiba, base da Lava Jato. Nessa segunda-feira (17), Moro intimou Eduardo Cunha para apresentar sua defesa prévia em ação penal que atribui ao ex-deputado US$ 5 milhões nas contas secretas que ele mantinha na Suíça. A esposa de Eduardo Cunha, a jornalista Cláudia Cruz, também é acusada na Lava Jato. Mais de US$ 1 milhão da propina que o peemedebista teria recebido sobre contrato da Petrobras no campo petrolífero de Benin, na África, foram gastos por ela em compras de luxo na Europa, segundo os investigadores. Cláudia adquiriu sapatos, bolsas e roupas de grife na França, Itália e em outros países europeus. A primeira denúncia contra Cunha veio em agosto de 2015, e acusa o parlamentar de corrupção e lavagem de dinheiro por ter recebido ao menos US$ 5 milhões em propinas referentes a dois contratos de construção de navios-sonda da Petrobras. Por unanimidade, o STF aceitou a acusação em março deste ano e tornou Cunha o primeiro político réu na Lava Jato. Nesta denúncia, ele responde por corrupção e lavagem de dinheiro. No mesmo mês, o procurador-geral da República, Rodrigo Janot, apresentou a segunda denúncia contra o peemedebista, por manter contas não declaradas no exterior utilizadas para receber propina, também no esquema de corrupção na Petrobras. A denúncia teve origem na investigação da Suíça que, graças a um acordo de cooperação internacional, foi encaminhada ao Brasil para que o político pudesse ser processado. Mais uma vez por unanimidade, o STF aceitou a acusação contra o parlamentar, que passou a responder novamente por corrupção, lavagem de dinheiro e, pela primeira vez, por evasão de divisas. Em 10 de junho deste ano, Janot apresentou a terceira denúncia contra o peemedebista, por suspeita de desviar dinheiro do Fundo de Investimentos do FGTS (FI-FGTS) nas aplicações que o fundo fazia em obras. A acusação tem como base a delação premiada do ex-vice-presidente da Caixa Fábio Cleto e descreve em detalhes o suposto esquema ilegal instalado no banco público. Conforme o procurador-geral, Cunha solicitava propina de grandes empresas para que Cleto viabilizasse a liberação de recursos do FGTS. O caso está sob sigilo na Corte e aguarda uma decisão do plenário do STF, que não decidiu ainda se aceita a denúncia.